El área se transformó el 12 de septiembre de 2008 en la primera Reserva Natural de la Defensa tras la firma del Convenio Marco de Cooperación celebrado entre el Ministerio de Defensa de la Nación y la Administración de Parques Nacionales. El área es administrada por la Armada Argentina, aunque debido a la presencia de la ballena franca austral actualmente no se realizan actividades de entrenamiento militar; se se lleva adelante la manutención de las balizas de navegación presentes en el predio.

Sus 7.000 hectáreas de Estepa Patagónica y Mar Argentino constituyen un valioso aporte al buen manejo del Área Natural Protegida Península Valdés, fruto de los esfuerzos que la provincia del Chubut desplegó desde 1967 para proteger esta región.

Punta Buenos Aires, junto a su enfrentada Punta Quiroga, constituyen la puerta de entrada al Golfo San José, en el norte del Patrimonio de la Humanidad que es la Península Valdés.

La vegetación característica de la ecorregión de la Estepa Patagónica es arbustiva y espinosa. En ella destacada el quilembay (Chuquiraga avellanedae), cuyas formas redondeadas se cubren de flores amarillas durante el período estival; acompañado por otros arbustos como el colapiche (Nassauvia glomerulosa), el neneo (Mulinum spinosum), el molle (Chinus sp.) y el solupe (Ephedra ochreata), este último de rojos frutos comestibles. Entre los duros pastos de la zona sobresalen las características matas de coirones (Festuca sp.) y flechillas (Nassella sp.). Este ambiente es frecuentado por una fauna integrada por especies como la mara (Dolichotis patagonum), los guanacos (Lama guanicoe), los choiques (Rhea pennata) y el puma (Puma concolor).

Las costas son ocupadas por lobos marinos (Otaria flavescens y Arctophoca australis) y elefantes marinos (Mirounga leonina) que las emplean durante sus épocas de reproducción; mismo uso que le dan muchas de las 180 especies de aves registradas en la zona. Pero además, al estar ubicada en la boca del Golfo San José, Punta Buenos Aires es de vital importancia para la conservación de numerosas especies marinas entre las que sobresale, sin dudas, la ballena franca austral (Eubalaena australis). En este sentido, la Reserva aporta al trabajo conjunto entre el Estado Nacional y la Provincia del Chubut para el cuidado esta especie declarada Monumento Natural a nivel nacional.

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