El SIDIF desde su concepción a fines de 1992 ha experimentado una evolución continua a través de la incorporación de nuevas prestaciones, resultado de optimizaciones de la operatoria y de la reingeniería de algunos procesos.

A comienzos del año 1998 se inició un proceso de re ingeniería informática y funcional para optimizar la operatoria del sistema y modernizarlo a nivel tecnológico debido al desfasaje producido por la obsolescencia del ambiente en el que fue desarrollado. Para ello se comenzó a construir una nueva versión que sustituya las interfaces con el usuario de tipo "carácter" por interfases de modo "gráfico" , modalidad más dinámica y amigable.

En su versión local se desarrolló una herramienta que sería única para todos los Organismos ejecutores y que contemplaría optimizaciones y nuevas prestaciones a nivel de la gestión y del registro de operaciones presupuestarias, contables y financieras, es el SIDIF Local Unificado (SLU).

En el año 2001 se comenzó la réplica del SLU en un Organismo piloto, el COMFER.

Por su parte, la reingeniería del SIDIF Central incluía:

• Los cambios funcionales resultantes de nuevos requerimientos de los Órganos Rectores
• Las adaptaciones para atender la funcionalidad definida para el SLU
• La migración tecnológica de las aplicaciones a ambiente gráfico
• La actualización de la base de datos del sistema

En particular, la reingeniería funcional del SIDIF incluyó:

• Integración del módulo de formulación presupuestaria anual y plurianual con la ejecución del presupuesto vigente en un mismo ambiente, permitiendo administrar ajustes en la formulación ante cambios en las variables institucionales o económicas involucradas, y otorgando mayor cobertura y amigabilidad en la explotación de la información correspondiente.
• Idéntico tratamiento para todos los Organismos ejecutores, ya sean de la Administración Central (AC) u Organismos Descentralización (OD) respecto de la ejecución presupuestaria. En todos los casos se procesará a nivel del SIDIF Central información al máximo nivel de detalle suprimiéndose los formularios de ejecución resumida de gastos efectuados.
• Implementación de circuitos especiales de ingreso de información y de tratamiento de erogaciones figurativas, reemplazo de desconfirmaciones por formularios de reversión, adecuación de formularios a nuevas funciones, modificación del criterio de asignación de fechas presupuestarias y contables.
• Incorporación de nuevos datos en los formularios de registro de ejecución de recursos y gastos que permiten el vínculo de los mismos con los documentos de gestión de los Organismos.
• Desarrollo de facilidades para la elaboración de esquemas de programación financiera trimestral y mensual y para la asignación de límites financieros dentro del sistema de Cuenta Unica del Tesoro.
• Actualización de los procedimientos de cesiones y embargos a nivel Central.
• Administración de mecanismos parametrizados de conversión de datos entre los sistemas de presupuesto y contabilidad de gastos y recursos, que permiten mejorar el funcionamiento del módulo contable.
• Incorporación de la etapa de devengado en el registro de recursos, con identificación de deudor y medios de percepción y nuevos procesos para gestión de depósitos en banco y de activos en cartera.
• Optimización del registro de beneficiarios y cuentas bancarias.
• Procesamiento de nuevas transacciones de pagos con distintos medios de pago y facilidades de administración de retenciones para Organismos que estén o no en CUT.
• Nuevo módulo de Cajas Chicas con discriminación de rendiciones y reposiciones y auxiliares que distinguen el monto de los fondos constituidos del flujo de erogaciones atendidas por medio de este mecanismo, permitiendo el control de las reposiciones en función de los gastos rendidos.
• Tratamiento de operaciones vinculadas para el registro de transacciones de recursos o pagos sin movimiento de fondos entre uno o varios SAF.
• Nuevo reglamento de compras y contrataciones.
• Desarrollo del SIDIF Gerencial con una nueva modalidad de tratamiento y acceso a la información del presupuesto nacional y la ejecución de gastos y recursos para la toma de decisiones de los Órganos Rectores y de las Jurisdicciones, el ciudadano y los analistas presupuestarios, contables y financieros.

Complementariamente, se realizó el diseño conceptual y el desarrollo informático de un sistema de administración y gestión para Unidades Ejecutoras de Prestamos Externos (UEPEX), que registre sus operaciones, envíen la información a los Organismos financiadores e informen la ejecución presupuestaria al SIDIF Central y se comenzó con su instalación.

Para lograr el objetivo de disponibilidad de información tanto para niveles gerenciales como para el ciudadano se desarrolló el SIDIF Gerencial en dos proyectos específicos:

• Datawarehouse de Información Financiera accesible con herramientas de análisis multidimensional.
• Sitio Web de consulta para el ciudadano sobre el presupuesto nacional.

El objetivo era brindar información sobre el SIDIF para la toma de decisiones y que contemple los siguientes aspectos:

• Información sintética y actualizada para la toma de decisiones a nivel político
• Posibilitar a analistas presupuestarios, contables y financieros, trabajar sobre la base de datos del SIDIF
• Brindar series temporales de la administración financiera para su posterior análisis
• Brindar información histórica y en línea a la autoridad máxima de cada ministerio sobre la ejecución presupuestaria propia
• Mantener una página Web que permita al ciudadano común acceder a información básica sobre la Administración Financiera del Sector Público.

En el año 2000 la CGN se hizo cargo del Registro Patrimonial de Bienes, con la responsabilidad del registro de los bienes del Estado Nacional a los que es menester registrar, mantener, valorizar y amortizar, así como definir las normas y los procedimientos que se aplicarán para las altas, bajas y modificaciones (A/B/M). Inventario inicial que contenía el 90 % de los bienes inmuebles privados del Estado.

El Sistema de Administración de Bienes del Estado Nacional (SABEN) pasó a la CGN como consecuencia de la disolución de la Ex - Dirección Nacional de Administración de Bienes. A Julio de 2005 se encuentra distribuido, el Sistema SABEN Inmueble local en cuarenta y un (41) servicios y el SABEN Muebles en cuarenta (40) servicios.