La vigilancia del agua y los alimentos es un prerrequisito del análisis de los riesgos para la salud de la población. Un programa de vigilancia de contaminantes en alimentos conlleva el análisis de alimentos y contaminantes seleccionados a lo largo de la cadena alimentaria. Esta "selección" de alimentos y contaminantes debe realizarse con base en el análisis de riesgo y debe llevarse a cabo de una forma integral por la Autoridad Sanitaria de Control de Alimentos.

Para fortalecer los Programas Nacionales de Control de la Inocuidad de los Alimentos, es esencial promover y apoyar el desarrollo de un servicio de inocuidad de alimentos con una fuerte base científica. El análisis de riesgo debe ser incorporado en el diseño, implementación y gestión de los programas nacionales. Cabe destacar que no basta con fijar los requisitos para la industria / sector regulado y luego esperar a que se cumplan. La presencia de una Autoridad Sanitaria fuerte es importante para el éxito general de cualquier sistema de este tipo.

La vigilancia realizada por los servicios de control de la inocuidad de los alimentos, debe monitorear los peligros de mayor prevalencia y significancia epidemiológica en los eslabones de la cadena alimentaria donde corresponda. Esta mirada debe ser consolidada según los informes y análisis de la vigilancia epidemiológica de las ETA (reportes de laboratorios clínicos y hospitales/ centros de atención) y de la vigilancia de contaminantes en alimentos en el nivel local. Los datos recolectados y su comparación con igual periodo del año anterior junto con otros eventos de salud que se consideren, son fundamentales y se deben integrar para confeccionar una vigilancia integral.