En nuestro país se lo considera en peligro crítico, ya que enfrenta un riesgo extremadamente alto de extinción en estado silvestre en un futuro inmediato. Se estima que su población actual es de alrededor de 250 individuos adultos. Las principales causas de esta situación son:

• Caza furtiva: a pesar de la prohibición, es la principal amenaza que enfrenta el yaguareté en la Argentina actualmente.
• Destrucción y degradación de ambientes: ya sea para extender la frontera agropecuaria o la deforestación realizada con otros fines, va reduciendo la superficie de los bosques y selvas que habita. Por ser un carnívoro de gran tamaño, requiere de grandes extensiones de hábitat en buen estado para sobrevivir, o bien territorios menores pero conectados entre sí a través de corredores.
• Escasez de presas naturales: el hombre caza los mismos animales que el yaguareté, afectando directamente sus posibilidades de alimentarse y obligándolo a buscar presas alternativas como el ganado doméstico.

A partir de 2001 el yaguareté es declarado Monumento Natural Nacional por Ley Nº 25.463, máxima categoría de protección para una especie.