Biodiversidad
Ecosistema
En el Parque se entremezclan la ecorregión Bosques Patagónicos, Estepa Patagónica y Altos Andes.
Clima
Templado frío, con una marcada estacionalidad. Presenta inviernos húmedos con frecuentes nevadas y una temperatura media entre los 2° y 4°C. En cambio los veranos son secos y la temperatura asciende hasta alcanzar una media entre los 14° y 16°C. Presenta un gradiente de precipitación originado por nubes provenientes del océano Pacífico que descargan intensas lluvias en la zona cordillerana (4.000 mm anuales en Puerto Blest) y van disminuyendo hacia el este, donde se ubica la zona esteparia (600 mm).
La temporada más propicia para su visita es verano, fines de primavera y principios de otoño (noviembre-abril).
Flora
En estos ambientes habitan diferentes especies de flora y fauna. De oeste a este, la flora se conforma de manera distinta a lo largo de esta extensa superficie; la vida del bosque continúa con la de la estepa, resultando una transición de plantas entre ambientes húmedos del bosque y áridos hacia la estepa.
La porción del bosque andino ocupa más del 60% del área protegida. Predominan en este ambiente especies como el coihue, la lenga y el ñire. En el extremo más húmedo donde hay selva valdiviana crecen bosques más pequeños de alerce, ciprés de las guaitecas, mañiú hembra y mañiú macho, entre otros. En sectores húmedos, como en las márgenes de ríos o en costas de lagos, es bastante frecuente encontrar el arrayán. El ciprés de la cordillera vive desde el extremo oeste del bosque hasta la estepa.
En el ambiente altoandino se encuentran plantas adaptadas a las rigurosas condiciones de la alta montaña: hierbas rastreras, arbustos achaparrados y pastos duros son algunas de las formas que adquieren aquí las especies de flora.
Fauna
En el área habitan 57 especies de vertebrados de valor especial; entre ellas el huillín, que es la especie emblema del Parque Nacional Nahuel Huapi y vive en los ríos, lagos y lagunas de bosque, siendo esencial para su hábitat la conservación en estado natural de las costas que incluyen la vegetación costera, rocas y troncos. Esta especie, así como el huemul, está en peligro de extinción.
Otras especies de valor especial son el cormorán imperial, monito del monte, pato de torrente, cóndor, puma, pudú, gato huiña, guanaco, zorro gris chico y varias especies de anfibios. Existen además especies que sólo habitan en esta área protegida, es decir, en ninguna otra parte del mundo (endemismos), como es el caso del tuco tuco colonial, la ranita del Chalhuaco y el senecio del cerro Carbón.
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