El Servicio de Enfermedades de Transmisión Sexual es responsable del diagnóstico de laboratorio, caracterización y detección de la resistencia a los antimicrobianos de patógenos que causan infecciones de transmisión sexual (ITS). Nombrado Centro Nacional de Referencia para las Enfermedades de Transmisión Sexual (CNR-ETS) a través de la Resolución Secretarial 447/88 y ratificado por Resolución 70/2014 del Ministerio de Salud, como Laboratorio Nacional de Referencia para las Infecciones de Transmisión Sexual (LNR-ITS).
Impulsa el desarrollo de métodos de diagnóstico tendientes a la mejora en la detección temprana de patógenos de ITS, sus mecanismos de resistencia emergentes y, estudios epidemiológicos de diseminación de las ITS y sus resistencias. Participa y colabora en lineamientos estratégicos de salud pública que involucran a las ITS, con la Dirección de Respuesta al VIH, ITS, TB y HV del Ministerio de Salud.
Entre sus funciones incluyen el diagnostico referencial, vigilancia laboratorial, formación de recursos humanos, coordinación de la Red de ITS, evaluación y supervisión externa de la proficiencia, asesoramiento a terceros, producción y abastecimiento de insumos estratégicos para la salud, transferencia tecnológica, información y comunicación en Salud.

Es responsable para las siguientes infecciones:
- Infección por Treponema pallidum
- Infección por Neisseria gonorrhoeae
- Infección por Chlamydia trachomatis (biovariedad Tracoma y Linfogranuloma venéreo)
- Infección por Mycoplasma genitalium
- Infección por Mycoplasma hominis
- Infección por Ureaplasma urealyticum
- Infección por Ureaplasma parvum
- Infección por Trichomonas vaginalis
- Infección por Haemophilus ducreyi
- Infección por Klebsiella granulomatis
- Infección por Herpes genital (en contexto del Síndrome de Ulcera Genital)

Las actividades incluyen, pero no limitan:
• Actuar como Laboratorio Nacional de Referencia en infecciones de transmisión sexual.
• Colabora con la Dirección de Respuesta al VIH, Infecciones de transmisión sexual, tuberculosis y hepatitis virales, y la Dirección de Epidemiología del Ministerio de Salud de Nación.
• Coordinar la Red de Infecciones de Transmisión Sexual de Argentina.
• Dirigir el Programa de Vigilancia de la Sensibilidad Antimicrobiana de Gonococo (ProVSAG) para Argentina.
• Dirigir el Programa Nacional de Control de Calidad en Infecciones de Transmisión Sexual (PNCCITS.
• Dirigir el Programa Nacional de Control de Calidad de Pruebas Rápidas para Infecciones de Transmisión Sexual.
• Investigar y desarrollar métodos de diagnóstico tendientes a la mejora en la identificación y en la detección temprana de mecanismos de resistencia emergentes
• Participar en la Red Latinoamericana de Vigilancia de la Resistencia a los Antimicrobianos (ReLAVRA) dirigida por OPS/OMS.
• Participar en programas internacionales, colaborando en la vigilancia de la resistencia a los antimicrobianos de uso habitual para el tratamiento de la gonorrea y aportando datos al Programa GASP/OMS (Gonococcal antimicrobial surveillance program) como punto focal para Latinoamérica.
• Actuar como Laboratorio Regional de Referencia para N. gonorrhoeae-OPS/OMS coordinando el Programa Latinoamericano y el Programa Caribeño de Control de Calidad en Identificación y Sensibilidad a los Antimicrobianos en N. gonorrhoeae para ReLAVRA.
• Intervenir como Centro Colaborador de la OMS en Vigilancia de la Resistencia a los Antimicrobianos para microorganismos causantes de ITS.
• Producir y abastecer de insumos estratégicos para la salud, provisión de materiales referencia (cepas, ADN y sueros) para laboratorios del ámbito público y privado.