Con la formación de un grupo de aviadores para el cumplimiento de las funciones propias de la Prefectura, iniciando sus tareas en 1947.
En 1951 este personal se nucleó en la División Aviación, que posteriormente, con el desarrollo propio del sector, pasó a ser el actual Servicio.
El Servicio de Aviación cumple múltiples tareas cuya enumeración permite advertir la importancia que revisten para el sostenimiento de las funciones propias en los puntos más distantes de su jurisdicción, el apoyo a sus dependencias y personal y el auxilio en todo tipo de siniestros, en los ámbitos marítimos, fluviales, lacustres y portuarios.
Estas tareas comprenden, el patrullaje marítimo y fluvial, la búsqueda y rescate, evacuaciones sanitarias, el transporte de pasajeros y cargas, la lucha contra incendios, el auxilio en casos de inundaciones, el apoyo a las actividades náutico-deportivas, la asistencia a buques en emergencia, la detección de derrames de hidrocarburos y mercancías peligrosas, la vigilancia del tráfico marítimo y fluvial, el contralor de actividades ilícitas en la Zona Económica Exclusiva argentina y el patrullaje y control de la pesca en aguas jurisdiccionales.
Cuenta para ello con aviones y helicópteros dotados de avances tecnológicos basados en sistemas y equipos de última generación que le permiten satisfacer los requerimientos de tan diversas tareas.
El Servicio tiene su sede administrativa y base de aviones en el Aeropuerto Internacional San Fernando, distante a unos veinte kilómetros de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires, en tanto que el asiento principal operativo y logístico de los helicópteros medianos y pesados de la Institución se encuentran dentro del puerto de la Ciudad Autónoma, lugar de la Estación Aérea Buenos Aires y su helipuerto "Oficial Principal Rubén BALESTRA".
En 1990 fue creada la Estación Aérea de Comodoro Rivadavia en la región patagónica y en 1997 la Estación Aérea de Mar del Plata en la principal ciudad balnearia de la Costa Atlántica Argentina. Desde ellas, los aviones y helicópteros del Servicio efectúan el patrullaje de la zona marítima, hasta 200 millas náuticas desde la costa y aún más allá de ese límite, procurando evitar la depredación de la fauna ictícola e identificar a los buques nacionales y extranjeros que efectúan faenas de pesca en forma ilegal.
Prestan ayuda sanitaria, evacuando a los tripulantes que la necesiten y además contribuyen a la protección del medio marino detectando los derrames de sustancias nocivas o peligrosas e identificando a los buques y establecimientos responsables de tales vertimientos.
En 2011 fueron creadas las Estaciones Aéreas Corrientes y Posadas; la primera en la provincia homónima y la segunda en la provincia de Misiones, ambas en la región Noreste de nuestro país. A las aeronaves allí destacadas se le asignaron las siguientes tareas: Búsqueda y Salvamento, detección de derrames de hidrocarburos, patrullaje para la prevención de ilícitos, patrullajes de frontera, asistencia a la población en situaciones de catástrofes naturales y lucha contra Incendios y la preservación del medio ambiente.
Para cubrir las demandas de formación de pilotos y mecánicos y facilitar su permanente actualización, en 1989 fue creado el Centro de Extensión Profesional Aeronáutica, organismo educativo que tiene por misión dictar los cursos de formación y capacitación de la especialidad y que se halla emplazado en el Aeropuerto Internacional San Fernando, incluyendo actualmente dentro de su planta de alumnos a integrantes de las distintas Fuerzas de Seguridad Nacional.