A partir del desarrollo de investigaciones científicas en el parque se han identificado sitios arqueológicos e históricos asociados a ocupaciones de grupos cazadores-recolectores, tanto en las márgenes del Fagnano/Khami como en el canal Beagle (al norte y al sur del área protegida, respectivamente).

Incluyen hallazgos aislados y/o concentraciones de artefactos y, al sur del parque, sitios denominados concheros. Estos últimos se caracterizan por ser resultado de la acumulación de residuos de alimentación (donde predominan ampliamente las valvas de diferentes moluscos) así como otras evidencias materiales asociadas al desarrollo de actividades cotidianas. La profundidad temporal de estas ocupaciones llegaría a los 1.800 años antes del presente.

Los sitios y bienes históricos están asociados a diferentes tipos de explotaciones para la utilización y aprovechamiento de los recursos naturales presentes en lo que posteriormente sería declarado como Parque Nacional. En este sentido puede reconocerse infraestructura variada asociada a la extracción de madera ocurrida en inmediaciones del canal Beagle, desde principios del siglo XX hasta 1960. Además, en bahía Lapataia se observan restos de una carbonera, de una fábrica de conservas y de una antigua estancia.

Se identificaron distintas manifestaciones vinculadas al patrimonio cultural inmaterial -tanto en el interior del parque como en su zona de influencia-, entre las que se pueden mencionar la utilización de topónimos en lengua indígena, las historias del tren y de fugas de penados del Presidio de Reincidentes de Tierra del Fuego y el valor social que la población asigna a los espacios naturales como espacios de ocio y/o recreación.