La Reserva de Biosfera de San Guillermo, cuya zona núcleo es el Parque Nacional homónimo, posee evidencias de ocupación humana desde hace 10.000 años aproximadamente, ofreciendo una muestra significativa del patrimonio cultural de la región cordillerana y precordillerana del Norte sanjuanino.

Esta área protegida posee recursos culturales muy dispersos en su territorio, pero siempre estrechamente vinculados a alguna fuente de agua.

Estos sitios se articulan a través de un eje principal que son los ríos, especialmente el río San Guillermo. La mayoría de los sitios arqueológicos pueden clasificarse como abrigos rocosos, pequeños pircados semicirculares (aislados o formando grupos) y sitios de gran tamaño con estructuras complejas, algunas de ellas cuadrangulares. Estos últimos son minoritarios y adscribibles al período de dominación incaica regional. También hay sitios que son construcciones de uso moderno, quizás asentados parcialmente sobre estructuras indígenas. La mayoría de estos sitios presentan evidencias de ocupación indígena y solo unos pocos presentan, en superficie únicamente, evidencias de ocupación moderna.

Las regiones Noroeste y Cuyo formaban del imperio inca (Tawantinsuyu) y a través de la caminería incaica se conectaban los diversos pueblos, regiones y ecosistemas andinos. El llano de San Guillermo habría sido el área para el aprovechamiento de vicuñas, en especial por su lana. Las tamberías presentes en el área darían testimonio del importante aprovechamiento que desarrollaron los incas en este sector.

El Qhapaq Ñan, Sistema Vial Andino, Itinerario Cultural, transnacional y seriado que integra la lista de Patrimonio Mundial de la UNESCO, es compartido por seis países Sudamericanos (Argentina, Bolivia, Chile, Colombia, Ecuador y Perú), y en Argentina comprende las provincias de Jujuy, Salta, Tucumán, La Rioja, Catamarca, San Juan y Mendoza. La APN tiene bajo su jurisdicción dos segmentos de este bien cultural: el Llano de Los Leones y el sitio asociado Morro Negro, en el Parque Nacional San Guillermo.

En los siglos XIX y XX, San Guillermo constituyó un campo estratégico como lugar de veranada y corredor de ganado a Chile. Por sus pastizales naturales, fue una importante zona de pastoreo, ya que sus vegas podían sostener grandes cantidades de ganado en viaje al país trasandino. Todavía quedan algunos restos materiales de estas actividades en el Parque Nacional, evidencias de esas prácticas ancestrales que todavía se desarrollan en la provincia de San Juan.