En el interior del área protegida el patrimonio cultural evidencia una historia de ocupación humana muy diversa. A partir del desarrollo de investigaciones arqueológicas y trabajos de técnicos de APN se han podido identificar evidencias antiguas se remontan a 2.000 años antes del presente. Se caracterizan por concentraciones de fragmentos cerámicos incisos y artefactos líticos dispuestos sobre lomadas y terrazas asociadas a cauces de aguas. Este complejo incluye por vasijas cerámicas grises grabadas y pintadas, de formas troncocónicas y globulares, guardas geométricas, asas y apéndices con motivos zoomorfos (batracio). También son características las hachas de piedra pulida en forma de cuña y mazas de base plana.

En la época colonial esta región constituyó la “frontera” entre los territorios ocupados por los españoles y los pueblos originarios que habitaban las llanuras chaqueñas. A mediados del siglo XVIII, se construyeron numerosos fuertes que sirvieron de avanzada y resistencia para la conquista y usurpación de las tierras de los pueblos nativos. Los más cercanos fueron los fuertes del Río del Valle y El Piquete. El primero conformó un fuerte principal, un lugar de avanzada, de donde salían las incursiones para la conquista de las poblaciones chaqueñas y sus territorios. El segundo, al parecer, tuvo como función principal la de proteger la hacienda de la Estancia del Rey.

El territorio de la Estancia el Rey fue adjudicado en 1767, por Merced Real, al Coronel Juan Adrián Fernández Cornejo, quien había ejecutado ese año la expulsión de los Jesuitas. La estancia estuvo dedicada desde sus comienzos a la cría de ganado vacuno y caballar participando en el mercadeo regional con la invernada y venta de ganado en pie hacia Chile y el Alto Perú. Hacia finales del siglo XIX la estancia quedó organizada en siete puestos: La Sala, Santa Elena, Lorena, Popayán, Los Noques, Los Puestos o Santa Juana y San Alberto. Cada puesto comprendía viviendas, corrales y áreas de pastoreo.