Este Parque Nacional presenta una amplia diversidad de formas en su patrimonio cultural. Por un lado, el registro arqueológico identificó sitios de ocupación humana prehispánica tales como campamentos de actividades múltiples, con una antigüedad de entre 500 y 600 años. También se registraron hallazgos aislados de ocupaciones breves (como desechos de talla lítica o fragmentos cerámicos) que permiten asignarlos a una misma entidad cultural. Los artefactos líticos se vinculan a las actividades de molienda, la caza y el trabajo de madera o hueso, los desechos de talla que sugerirían actividades de retalla y retoque de los instrumentos.

Por otro lado, también se identificó patrimonio cultural vinculado al funcionamiento de varias estancias en la zona, producto del poblamiento en épocas postcoloniales. Una de ellas es la destacada Estancia del Carmen, propiedad de Esteban Márquez, que comienza a funcionar a partir de 1810. En este momento se inicia la actividad ganadera, especialmente con ganado ovino. A raíz de este desarrollo encontramos en la región restos de construcciones tales como taperas o puestos abandonados, que evidencian momentos de ocupación previos al área protegida.

Como parte del patrimonio cultural se incluyeron una serie elementos asociados a la navegación, como balizas o mástiles, que permiten entender la articulación del espacio socio productivo estanciero con su entorno marino, la actividad portuaria, el transporte y comercio.

Por último, una serie de prácticas y manifestaciones vinculadas a la tradición gauchesca fueron identificadas como patrimonio cultural inmaterial. Aquí se incluyen la Fiesta Patronal en honor a Nuestra Señora de la Merced, la Fiesta Nacional Santos Vega y procesiones con la imagen de la Virgen María. La identidad gauchesca tiene como referente a la payada como expresión artística transmisora de valores locales, tanto en eventos conmemorativos, como en la vida cotidiana del lugar.