La historia de la ocupación humana en el Parque Nacional Calilegua y sus alrededores se remonta a periodos prehispánicos (antes de la llegada del español a América).

Las evidencias materiales y fuentes históricas dan cuenta que el sector estuvo vinculado a desarrollos culturales sucedidos tanto en cuenca del Rio San Francisco como en la Quebrada de Humahuaca.

Entre 3.000 y 1.600 años antes del presente, está asociado a lo que en arqueología se denominó el Complejo Cultural San Francisco. Este es conocido por hallazgos de enterratorios en donde son características las vasijas cerámicas tanto con superficies gris pulida con decoración incisa como aquellas de asas (manijas) modeladas con figuras zoomorfas y antropomorfas. Asociados a estas se hallaron caracoles del Pacífico y puntas de proyectil de obsidiana, por los que se supone que existían redes comerciales de largas distancias. También, se encontraron semillas de porotos, maíz, chañar, algarroba y cebil, por lo que se presume que realizaron actividades de agricultura y recolección.

Con la llegada de los españoles, hacia la primera mitad del siglo XVI, queda descrito en las crónicas que las serranías de las yungas (tales como la serranía de Calilegua) estaban habitadas por grupos andinos y las llanuras por pueblos nómades chaqueños.

Las sierras estaban ocupadas principalmente por grupos Ocloyas, parcialidad perteneciente al señorío de Los Omaguacas (tributarios del Imperio Inka). Las llanuras, en cambio, eran habitadas por pueblos nómades tales como Tobas y Wichí.

En el periodo colonial esta es una zona de frontera y de fuertes, muchos de los Ocloyas pasan a formar parte de las encomiendas españolas (Sistema donde los indígenas estaban obligados a tributar con trabajo a un señor español) y Tobas y Wichí a conformar misiones religiosas. Tal es así que, en 1756, entre los Ríos Sora y Ledesma, los jesuitas fundan la Misión San Ignacio de Ledesma con 600 Tobas y en 1779 los Franciscanos fundan la Reducción Nuestra Señora de las Angustias de Zenta con 450 Wichís.

Desde fines del SXVIII la región es lugar de asentamientos de haciendas productoras de azúcar y aguardiente. En los siglos XIX y XX la hacienda azucarera se transforma, se instalan importantes ingenios-fabricas azucareros equipados con máquinas de vapor (Ledesma, La esperanza, La Mendieta y San Martin del Tabacal). La explotación de la mano de obra indígena cumplió un rol fundamental en el desarrollo de la industria azucarera. No es hasta mediados de la década de ’40 cuando se inició un cambio por medio de relaciones salariales.