En el año 2016, el cambio de gestión disminuyó la importancia del área en tareas de protección civil y transformó a la Secretaría en una Dirección, sin ningún tipo de intervención en las situaciones de catástrofes naturales y apoyo a la comunidad. En el 2019, el gobierno actual volvió a jerarquizar la Secretaría y le otorgó nuevamente el rol que tenía en los distintos aspectos de la emergencia.

A diez años de su creación -a través del Artículo 4° del Decreto 636- la Secretaría ha tenido un papel fundamental en la coordinación militar en inundaciones, tornados, aludes, nevadas, incendios forestales y otros desastres. También colaboró en emergencias hídricas, en la distribución de agua potable en la provincia de Salta, y sanitarias y tuvo sobre todo un rol muy destacado durante la pandemia de COVID-19 en todo el país; con la colaboración y planificación de las Operaciones Belgrano I y II.

Con respecto a las tareas de apoyo a la comunidad, ha organizando anualmente campañas socio sanitarias con el objetivo de acercar derechos y atenciones médicas a aquellas poblaciones ribereñas y alejadas, con dificultades de acceso a centros urbanos; ha llevado adelante tareas de urbanización en barrios populares, como en Los Hornos – La Plata y Rosario; el reparto de reservorios de agua potable segura para las comunidades originarias de Salta; tareas de asistencia a municipios; trabajo de forma conjunta con otros ministerios y agencias en terreno, en la ejecución de distintos programas de gobierno.