Etapa I: autoevaluación

Promueve una participación sistemática y diagnóstica por parte de los actores relevantes de la institución. Se busca facilitar la reflexión y conocimiento sobre las fortalezas y debilidades existentes en el desarrollo de sus objetivos (en la función I+D, para el caso de las universidades).
Esta etapa concluye con la elaboración de un informe de autoevaluación por parte de la institución que da cuenta de la situación analizada y propone líneas para el mejoramiento. Durante esta etapa, el PEI brinda asistencia técnica para el desarrollo de la actividad y las instituciones pueden solicitar apoyos financieros para su implementación.

Etapa II: evaluación externa

Ofrece una mirada independiente, analítica y valorativa sobre el objeto evaluado. Es realizada por destacados miembros de la comunidad científica y tecnológica nacional e internacional y por expertos en gestión institucional. Los evaluadores externos son designados por el Ministerio previa consulta con las autoridades de la institución a evaluar, la cual tiene derecho a recusar en caso que exista conflicto de intereses.

La tarea de los evaluadores consiste en valorar los logros y desafíos que las instituciones enfrentan (para el desarrollo de la función I+D, en el caso de las universidades), revisar los lineamientos propuestos en la autoevaluación y efectuar recomendaciones para su mejoramiento. La gestión de la evaluación externa está a cargo del PEI.

Etapa III: Plan de Mejoramiento Institucional (PMI)

Propone metas factibles, fijando objetivos y acciones que tiendan a superar los déficits encontrados y fortalecer a la institución en el desarrollo de sus funciones. El plan debe enmarcarse en los objetivos formulados en el plan estratégico de la institución y ser una consecuencia del proceso de evaluación previa. Si la institución no posee un plan estratégico, su elaboración será incorporada como una actividad dentro del Plan de Mejoramiento Institucional (PMI).

Para el desarrollo de estas actividades las instituciones evaluadas pueden recibir apoyo técnico y/o económico.