La evaluación de una institución o de sus principales funciones es concebida como una herramienta de gestión, en tanto representa un proceso asociado al mejoramiento e integrado a la planificación de sus objetivos y estrategias.

Se distinguen tres etapas en el proceso de evaluación: autoevaluación/diagnóstico/planificación/desarrollo, evaluación externa y plan de mejoramiento/plan de desarrollo. La metodología propuesta promueve la participación de los integrantes de la institución en estos tres momentos, convocándolos a realizar una reflexión crítica sobre los desempeños y resultados.

En todo el proceso de evaluación los integrantes del PEI actúan como facilitadores, acompañando en cada una de las etapas a las instituciones involucradas.

Durante las tres etapas las instituciones reciben apoyo técnico y/o financiero del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación.