El Dr. Fernando Lahille fundó en 1898 el primer laboratorio costero de biología marina, ubicado en Punta Mogotes, Mar del Plata. En 1960, un grupo de investigadores y docentes de las Universidades Nacionales de Buenos Aires, La Plata y del Sur y del Poder Ejecutivo de la Provincia de Buenos Aires (CIC) originaron el Instituto de Biología Marina (IBM) en Playa Grande. En él se constituyeron los primeros laboratorios en los que se desarrollaron líneas básicas de investigación con equipos de trabajo permanentes.

El 21 de octubre de 1977 se creó el INIDEP mediante la Ley 21.673 sobre la base del antiguo Instituto de Biología Marina. Es un organismo descentralizado de la Secretaría Agricultura, Ganadería y Pesca, dependiente del Ministerio de Economía de la Nación.

A fin de cumplir con los estudios necesarios, el INIDEP posee actualmente tres buques de investigación pesquera, el “Dr. Eduardo L. Holmberg”, el BIP "Víctor Angelescu" y el BIP "Mar Argentino", equipados para la exploración de extensas áreas marinas. La incorporación de estos buques fue vital para la obtención de información continua y especializada, imprescindible para el avance de las investigaciones orientadas al manejo racional de los recursos pesqueros.