El Comando Conjunto de Ciberdefensa está conducido por el Comandante Conjunto de Ciberdefensa, de quien dependen el Jefe de Estado Mayor, el Centro de Ingeniería de Ciberdefensa y el Centro de Operaciones de Ciberdefensa, además del Departamento Presupuesto y la Secretaría Ayudante.​ El Estado Mayor está integrado por los Departamentos Personal, Inteligencia, Operaciones, Logística y Apoyo.