El 20 de noviembre de 1945 se creó el Archivo General de Aeronáutica (AGA) dependiente de la Dirección General del Personal. En enero de 1961 en la orgánica se establece dentro del mismo una Sección “Historia” (luego cambiada a División), que en 1965 se acopla con la Sección “Recopilación de Antecedentes y Confección de Volúmenes Históricos” y la Sección “Documentación e Índice, Catálogos y Ficheros”. En años subsiguientes la documentación conservada por estas Secciones va a ser mudada en múltiples oportunidades, y se van a unificar en el denominado Departamento de Estudios Históricos, aún Dependiente del Archivo General de Aeronáutica.

El 27 de diciembre de 1968 el Archivo General de Aeronáutica pasó a denominarse Archivo de la Fuerza Aérea con dependencia de la Secretaría General del Comando en Jefe.

A fines del año 1980 el Departamento de Estudios Históricos sólo se abocaba a atender consultas esporádicas de información. En diciembre de ese año, al producirse el derrumbe de una parte del edificio Cóndor de la Fuerza Aérea donde se encontraba instalado, se resolvió trasladar toda su documentación al aeropuerto de Ezeiza. En 1981, se logró reubicar parte de esta documentación en las oficinas de Florida 833 (CABA), nuevo asiento del Departamento de Estudios Históricos.

En marzo de 1982 se aprobó un proyecto sobre la reorganización total del Departamento de Estudios Históricos con su elevación a nivel de Dirección y la intención de dividir el Archivo de la Fuerza Aérea en dos sectores bien diferenciados, el histórico y el administrativo. Al mismo tiempo, se aprobó la nueva Orgánica de la Dirección de Estudios Históricos, estructurándola con el Museo Nacional de Aeronáutica (departamentos Museográfico y Técnico), el Departamento Investigaciones Históricas y el Departamento Archivo Histórico.

En diciembre de 1983 la Dirección de Estudios Históricos pasó a depender de la Subjefatura del Estado Mayor General. Dos años después, quedó subordinada a la Secretaría General del Estado Mayor General de la Fuerza Aérea.

En abril de 1984 se inició la mudanza de la totalidad de la documentación y el mobiliario de la Dirección de Estudios Históricos al edificio Alas de la Fuerza Aérea, con ingreso por la calle Viamonte 153.

En enero de 2001, la Dirección de Estudios Históricos pasó a depender por tres años de la Dirección General de Intereses Aeronáuticos cuando volvió a la órbita de la Secretaría General hasta la actualidad.

Por otro lado la Dirección de Estudios Históricos coordina la redacción y corrección de los boletines históricos, las Comisiones redactoras y desde 2016 se reactivó la Comisión Redactora de la BANIM. Asimismo, trabaja en coordinación con el Sistema de Archivos de la Defensa.