El Archivo General de la Fuerza Aérea Argentina se crea en noviembre de 1945, con nivel de División dependiente de la Dirección General de Personal de la Fuerza, por medio de la Resolución 1129/45 del Secretario de Aeronáutica. Se definen como sus funciones las de recibir y custodiar la documentación que forma el acervo histórico y documental de la aeronáutica. La reglamentación del funcionamiento del Archivo se incluía en las disposiciones del Reglamento de la Dirección General de Personal.
El 26 de octubre de 1961, según el Boletín Aeronáutico Público 1717, el Secretario de Estado de Aeronáutica resuelve que el Archivo General de Aeronáutica dependa de la Dirección General de Estadística de Aeronáutica. Luego, por medio de la Resolución 1037 de diciembre de 1966, la Dirección General de Estadística de Aeronáutica resulta desactivada como tal y sus misiones, funciones y tareas pasan a estar absorbidas por el Estado Mayor General de la Fuerza Aérea Argentina.
En función de la Ley 15930 que establece que ningún otro Archivo más que el Archivo General de la Nación puede llevar la denominación de “general” en su nombre, se modifica el nombre de este archivo por el de Archivo de la Fuerza Aérea, pasando a depender de la Secretaría General del Comando en Jefe de la Fuerza Aérea, lo cual queda plasmado en la resolución del Comando 778/68.
A fines de 1980, ante la posibilidad de derrumbe del edificio que ocupaba en la calle Perú 710, en la Ciudad de Buenos Aires (CABA), la documentación del Archivo General es colocada en cuatro contenedores ubicados en un predio militar de la localidad de Ezeiza, en la Provincia de Buenos Aires. Un año después, los documentos contenidos en dos de los mismos son trasladados al Departamento de Estudios Históricos (en ese momento, ubicado en la calle Florida 833 (CABA). Tiempo despúes, la documentación de los dos contenedores restantes es trasladada al predio de Guerra Electrónica (CABA) en el cual se encuentra instalado el Archivo al día de hoy, en la ciuda.
En la actualidad, el Archivo General de la Fuerza Aérea Argentina depende orgánicamente del Cuartel General (que antes fuera Jefatura Militar), institución que a su vez se encuentra supeditada a la Subjefatura del Estado Mayor General de la Fuerza Aérea Argentina desde el año 2010, por medio de la Resolución Ministerial 1633.