Las Comisiones son creadas por la Asamblea del COFEMA, pudiendo ser de carácter transitorio por el período de un año, en que se establecen las Autoridades del Consejo.
Durante la Asamblea los representantes provinciales ante el Consejo nombrarán un coordinador para garantizar el funcionamiento de la Comisión, generar informes que les sean requeridos por la Asamblea, informar a la Secretaría Ejecutiva sobre la agenda de reuniones, los registros de convocatoria, consulta y funcionamiento.
Estas Comisiones podrán funcionar a través de procesos de consulta por medios electrónicos, permitiendo de este modo un permanente funcionamiento de las mismas. Anualmente el COFEMA viene efectuando la integración de las Comisiones para el período.
Para el período 2024 se establecieron las siguientes Comisiones:
Asesoramiento legislativo
Coordinador titular: representante de la provincia de San Juan.
Coordinador alterno: representante de la provincia de Neuquén.
Secretaría de actas: representante de la provincia de Chaco.
Biodiversidad
Coordinador titular: representante de la provincia de Entre Ríos.
Coordinador alterno: representante de la provincia de Misiones.
Secretaría de actas: representante de la provincia de Santa Fe.
Bosques nativos
Coordinador titular: representante de la provincia de Jujuy.
Coordinador alterno: representante de la provincia de Chaco.
Secretaría de actas: representantes de las provincias de Salta.
Cambio Climático y Calidad de Aire
Coordinador titular: representante de la provincia de La Pampa.
Coordinador alterno: representante de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires.
Secretaría de actas: representante de la provincia de San Juan.
Cuencas Hídricas y Ecosistemas Acuáticos
Coordinador titular: representante de la provincia de Corrientes.
Coordinador alterno: representante de la provincia de Entre Ríos.
Secretaría de actas: representante de la provincia de Chaco.
Educación ambiental
Coordinador titular: representante de la provincia de Buenos Aires.
Coordinador alterno: representante de la provincia de San Luis.
Secretaría de actas: representante de la Nación.
Impacto ambiental
Coordinador titular: representante de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires.
Coordinador alterno: representante de la provincia de Catamarca.
Secretaría de actas: representante de la provincia de Río Negro.
Prevención del fuego
Coordinador titular: representante de la provincia de Salta.
Coordinador alterno: representante de la provincia de Chubut.
Secretaría de actas: representante de la provincia de Jujuy.
Residuos
Coordinador titular: representante de la provincia de Córdoba.
Coordinador alterno: representante de la provincia de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur.
Secretaría de actas: representante de Santa Fe.
Áreas naturales protegidas provinciales
Coordinador titular: representante de la provincia de Mendoza.
Coordinador alterno: representante de la provincia de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur.
Secretaría de actas: representante de la provincia de Jujuy.
Transición energética y energías limpias
Coordinador titular: representante de la provincia de Chubut.
Coordinador alterno: representante de la provincia de San Luis.
Secretaría de actas: representante de la provincia de Santa Cruz.
Suelos y Desertificación
Coordinador titular: representante de la provincia de Entre Ríos.
Coordinador alterno: representante de la provincia de Jujuy.
Secretaría de actas: representante de la provincia de Formosa.