El Centro de Control de Misión nace con el lanzamiento del satélite SAC-B, el 3 de Noviembre de 1996. Por falla del sistema de separación del lanzador, el satélite quedó unido a la tercera etapa del mismo, evitando que el control de actitud pudiera estabilizarlo y además como consecuencia de la sombra producida por la tercera etapa del lanzador sobre los paneles solares no permitió que se generara la energía suficiente para la recarga de baterías. Utilizando la carga inicial de baterías, durante varias órbitas se pudo recibir telemetría y comandar el satélite, probando de esta manera el perfecto funcionamiento del mismo y del Centro de Control de Misión.

El 3 de Diciembre de 1998 se lanzó el satélite SAC-A, experimento tecnológico que cumplió su misión exitosamente.

El 21 de noviembre del 2000 se lanzó el satélite SAC-C, proyecto conjunto entre la CONAE y la Administración Nacional de Aeronáutica y Espacio (NASA) con la participación de Francia, Italia, Brasil y Dinamarca. Fue operado durante 13 años, hasta 15 de agosto del 2013 cuando la comunicación con el satélite se perdió repentinamente al llegar al fin de su vida útil, la que superó ampliamente la proyectada de cinco años.

El 10 de Junio de 2011 se lanzó el satélite SAC-D / Aquarius, que se encuadró en un programa de cooperación entre la CONAE y el Centro Goddard y el Jet Propulsion Laboratory (JPL), ambos de la NASA. Concluyo su servicio operativo el 8 de junio del 2015 tras haber cumplido exitosamente su misión prevista para 3 años.