La Asamblea del COFECYT es presidida por el Secretario de Innovación, Ciencia y Tecnología de la Nación.

Está integrada por los funcionarios con competencia institucional que designen los Gobernadores y el Jefe de Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires, mediante el instrumento que corresponda, en número de un (1) Titular y un (1) Alterno por cada Jurisdicción.

En la primera reunión de cada año, convocada por su Presidente, la Asamblea designará entre sus miembros el Vicepresidente y tres Secretarios: Secretario de Presidencia, Secretario de Actas y Secretario de Asuntos Reglamentarios.

En estas designaciones, la Asamblea deberá tener en cuenta la representación de las diferentes regiones.

Las Autoridades durarán un año en sus cargos pudiendo ser reelectos indefinidamente. No permanecerán en sus cargos si por algún motivo dejaran de pertenecer a la Asamblea.