El 28 de agosto de 2020 se firmó el Acuerdo Federal de la Hidrovía, por el cual el Estado nacional comienza a administrar la vía navegable junto a las provincias de Buenos Aires, Chaco, Corrientes, Entre Ríos, Formosa, Misiones y Santa Fe.

El Consejo Federal Hidrovía (CFH) se conformó el 17 de diciembre de 2020 a través de la Resolución del Ministerio de Transporte 307/2020 y logró un avance muy importante en el proceso de federalización y mejoramiento integral en la coordinación política y estratégica de la Vía Navegable Troncal. El encuentro contó con la participación de los gobernadores y representantes de las siete provincias que integran el Consejo, diversas organizaciones públicas, privadas, no gubernamentales, sindicales y otros entes u organismos públicos y académicos con interés en la materia.

El 24 de agosto de 2021, mediante el DNU N° 556/21, se creó el Ente Nacional de Control y Gestión de la Vía Navegable. Es un organismo de carácter autárquico que funcionará bajo el ámbito del Ministerio de Transporte de la Nación y estará a cargo del Gobierno nacional y de las provincias que integran la vía navegable: Buenos Aires, Chaco, Corrientes, Entre Ríos, Formosa, Misiones y Santa Fe.

El Ente garantizará el seguimiento y la fiscalización de la prestación de los servicios que se brinden en la vía navegable troncal, permitirá proteger los bienes públicos y llevar adelante el proceso licitatorio nacional e internacional para la adjudicación de las obras. Además, fiscalizará el cumplimiento de las leyes, reglamentos, cuestiones ambientales y económico-financiero de la concesión de obra pública para esta vía navegable, buscando reducir los costos logísticos, aumentar la seguridad de la navegación, planificar y desarrollar actividades con menor incertidumbre y promover las inversiones y el desarrollo de emprendimientos alrededor del río Paraná y del Río de la Plata.

Mientras tanto, en el marco del decreto 427/21 y del contrato firmado entre el Ministerio de Transporte y la Administración General de Puertos (AGP), desde el 11 de septiembre de 2021, la AGP es la encargada de la gestión transitoria de la Vía Navegable Troncal hasta la toma de servicio por parte de quien o quienes resulten adjudicatarios de la licitación encomendada por el Decreto N° 949/20, período durante el cual deberá gestionar y supervisar el dragado y balizamiento, cobrar el peaje y realizar los controles hidrométricos correspondientes para garantizar la seguridad y la navegabilidad.