Con las Barreras zoosanitaria el objetivo es minimizar el riesgo de ingreso a la región protegida de  enfermedades y/o  plagas perjudiciales para la producción agropecuaria, aplicando las medidas y acciones sanitarias necesarias para establecer, proteger y mantener el área libre de plagas con reconocimiento internacional, contribuyendo además con la fiscalización de calidad y sanidad agroalimentaria.

Además, desarrolla estrategias de control en cada región, mediante la instalación de controles dinámicos en carreteras críticas, controles fijos en barreras sanitarias y buscando una ampliación de las estructuras participativas de control celebrando acuerdos o convenios con autoridades policiales nacionales, provinciales,  para detectar movimientos ilegítimos o informales que pongan en peligro la salud pública.

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