En 1686, con el producido de los primeros hornos de ladrillos de Buenos Aires, comenzaron a levantarse la torre sur y los muros del frente de la iglesia que ya existía, construida sobre muros de adobe.

Desde 1712, según planos del jesuita Juan Krauss, comenzó a edificarse el templo actual situado en Bolívar 225, que conserva aquella torre sur y muro frontal originales. Junto con un tramo de galería subterránea del desaparecido fuerte, son los elementos arquitectónicos más antiguos de la ciudad.

La construcción fue dirigida por el propio Krauss y por los coadjutores jesuitas Andrés Blanqui y Juan Bautista Prímoli (arquitectos), Juan Wolff (maestro de carpintería) y Pedro Weger (maestro de herrería).

Se inauguró en 1722 y se consagró, ya terminada, en 1734. Es la más antigua que se conserva en Buenos Aires, para cuya defensa fue bastión durante las Invasiones Inglesas.

La edificación responde a la tipología originada en Il Gesú de Roma (Arq. Vignola, siglo XVI): tiene planta en cruz latina, con una nave principal, dos laterales -cada una constituida por cinco capillas- y ábside rectangular.

Como característica singular, San Ignacio comparte únicamente con la catedral de Montevideo, la cúpula sobre tambor cuadrangular en el crucero y la doble altura de las naves laterales. La fachada, cuya autoría se discute, muestra influencia del barroco bávaro. El ingeniero Felipe Senillosa la completó a mediados del siglo XIX, agregándole la torre norte, similar a la sur, ambas rematadas por cupulines revestidos en azulejos Pas-de-Calais. El altar mayor, original del siglo XVII, fue tallado en madera y dorado por Isidro Lorea.

En esta iglesia, que integra la Manzana de las Luces, tuvo lugar en 1821 el acto de inauguración de la Universidad de Buenos Aires.

Fue declarada Monumento Histórico Nacional en 1942, por Decreto 120.412.