El mencionado decreto constituyó un hito en la historia de los retiros y pensiones militares, ya que consolidó y concentró la administración de los fondos destinados a ese fin en una única institución. Poco después, el 19 diciembre de 1946, durante el gobierno del General Juan D. Perón, el Congreso Nacional sancionó la Ley Nº 12.913, con la que se formalizó definitivamente la creación del organismo.

El Instituto abrió sus puertas el 1 de enero de 1947. Funcionó primero en el edificio de la ex Escuela de Informaciones del Ejército y luego sede de la Dirección Antártica, ubicado en Cerrito 1248. Luego, en 1951, comenzó la construcción del histórico edificio donde se encuentra la actual sede central (Cerrito 572); en 1955 se sancionó la ley que permitió brindar créditos hipotecarios; y en 1963 se logró la autorización para adquirir viviendas y realizar operaciones financieras con otras instituciones crediticias. Año a año, el IAF fue creciendo en funciones y relevancia dentro de las Fuerzas Armadas de la República Argentina.

En la actualidad, el Instituto se encuentra abocado a seguir cumpliendo con eficiencia y responsabilidad su principal misión: abonar en tiempo y forma los haberes del personal militar retirado y de los pensionistas de las Fuerzas Armadas. Además, y en el marco de un acelerado proceso de modernización tecnológica, continuamos trabajando para brindar cada día más y mejores servicios, facilitando el acceso a la asistencia financiera y a la vivienda propia tanto del personal militar en actividad como en situación de retiro, con el fin de promover el bienestar personal y familiar de nuestros beneficiarios y beneficiarias de todo el país.