El Comando conjunto de transporte (COTRAC), fue creado por el Decreto del Poder Ejecutivo Nacional Nro. 651 de fecha 18 de mayo 1989.

Los estudios y las realidades vividas han permitido realizar un adecuado análisis de la situación geográfica de la Nación Argentina, el cual demostró la incidencia determinante del TRANSPORTE en la eficacia del Sistema de Defensa, cualquiera sea la situación de crisis o desastre natural planteada.

Dicho Decreto firmado por el entonces Presidente de los Argentinos y su Ministro de Defensa, a propuesta del Estado Mayor Conjunto de las Fueras Armadas de la Nación, conto con la aprobación de los Estado Mayores de las tres Fuerzas (Ejército Argentino, Armada Argentina y Fuerza Aérea Argentina), Instituciones que apoyan diariamente el cumplimiento de su misión.

En 1998 se mudó al edificio “Libertad” de la Armada Argentina y en abril del 2023 se traslada al Edificio “Libertador”, del Ministerio de Defensa, sito en calle Azopardo 250 piso 13.