Se encarga de realizar los estudios e investigaciones en el área de los recursos hídricos superficiales y subterráneos de la región andina y se especializa en el desarrollo de instrumentos orientados a la toma de decisiones en la gestión de los sistemas hídricos.
Entre las áreas que aborda se destacan: programas de investigaciones en riego y drenaje, en hidrología superficial, en hidrología subterránea y en hidroquímica y aspectos legales, económicos y sociales del agua.