El Proyecto PAIS (PROYECTO ARGENTINO INTERINSTITUCIONAL DE GENÓMICA DE SARS-COV-2), creado desde el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación, presentó un reporte donde muestra la secuenciación parcial del gen que codifica para la proteína Spike en 81 muestras de CABA y la Provincia de Buenos Aires obtenidas entre el 27 de enero y el 21 de febrero de este año correspondientes a casos de circulación comunitaria, viajeros internacionales o contactos de viajeros internacionales. Se detectó la combinación de mutaciones característica de la variante 501Y.V3 (Manaos) en dos muestras, y la de la variante 501Y.V1 (Reino Unido) en una muestra, mientras que también se detectó la mutación S_E484K -característica de la variante P.2 (Río de Janeiro)- en 15 muestras y la mutación S_E484Q en un caso. No se detectó la combinación de mutaciones característica de la variante 501Y.V2 (Sudáfrica). En todos los casos reportados de las variantes se procederá a la secuenciación del genoma completo.

Variantes de interés y mutaciones
“Arrancamos la vigilancia con el fin de buscar estas variantes -denominados en inglés, Variants of Concern (VoC)- que empezaron a emerger en el mundo y tomaron el interés de todos los científicos. La estrategia inicial fue detectar cierta constelación de mutaciones de las variantes 501Y.V1 (Reino Unido), 501Y.V2 (Sudáfrica) y 501Y.V3 (Manaos). Sin embargo, empezamos a detectar la mutación S_E484K sola, no asociada al resto de las encontradas en las variantes 501Y.V2 y 501Y.V3. En las sucesivas investigaciones, la mutación comenzó a aumentar la frecuencia en AMBA, en particular. Como no sabemos el origen, o sea si se debe a la variante de Rio de Janeiro, estamos haciendo el genoma completo para confirmarlo o determinar si se debe a una nueva variante local que haya emergido por convergencia evolutiva (es decir, una misma mutación que aparece en virus de linajes distintos). Es por eso, que ahora nos detenemos a hablar de variantes VOC y de mutaciones que estén asociadas con alguna característica fenotípica que genere interés a nivel local y global”, explicó la coordinadora del Consorcio PAIS, investigadora en el Laboratorio de Virología Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez, Dra. Mariana Viegas, respecto a las mutaciones.

Uno de los casos que presentó la variante de Manaos tuvo antecedente de viaje a Pipa, Brasil, y el otro habría sido contacto de otro viajero, también procedente de Brasil. En cambio, el caso de la variante de Reino Unido habría sido adquirido en la comunidad.

En resumen, la vigilancia activa de las variantes de SARS-CoV-2 realizada sobre un total de 626 muestras de la CABA, provincia de Buenos Aires, Córdoba y la ciudad de Santa Fe obtenidas entre el 1 de noviembre de 2020 y el 21 de febrero de 2021, permitió determinar la presencia de tres variantes de interés epidemiológico mundial en nuestro país: la variante 501Y.V1 (Reino Unido), la variante 501Y.V3 (linaje P.1, Manaos), y la variante P.2 (Río de Janeiro). Hasta el momento, la 501Y.V1 (Reino Unido) se identificó en cuatro casos (0,6 %), la 501Y.V3 (Manaos) en dos casos (0,3 %), y la mutación S_E484K en forma aislada -compatible con P.2 (Río de Janeiro)- en 43 casos (6,9 %) y la mutación S_L452R/Q/M en siete casos.

Recordemos que las cuatro variantes virales del SARS-CoV-2 son la variante 501Y.V1 (linaje B.1.1.7) o VOC 202012/01, detectada en el Reino Unido; 501Y.V2 (linaje B.1.351) o VOC 202012/02, detectada en Sudáfrica; la variante 501Y.V3 (linaje P.1, derivado del linaje B.1.1.28) o VOC 202101/02, detectada en Manaos, Brasil; y la variante VUI-202101/01 (linaje P.2, derivado del linaje B.1.1.28), detectada en Río de Janeiro, Brasil.

Por último, cabe destacar que el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación, a través de Proyecto PAIS, y el Ministerio de Salud, a través de la Dirección Nacional de Epidemiología e Información Estratégica, del Servicio de Virosis Respiratorias, INEI-ANLIS “Carlos G. Malbrán”, están trabajando de manera articulada para poder obtener información oportuna y completa, para generar respuestas sanitarias basadas en evidencias locales.

Para conocer más ingresar a http://pais.qb.fcen.uba.ar/

Proyecto PAIS
Creado desde el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación de la Nación, el Consorcio interinstitucional para la Secuenciación del genoma y estudios genómicos de SARS-CoV-2 (Proyecto PAIS) está conformado por grupos de investigación de diferentes instituciones con el objetivo de secuenciar el genoma y realizar demás estudios genómicos del SARS-CoV-2.

Coordinado por la Dra. Mariana Viegas del Laboratorio de Virología Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez, el equipo trabaja articulada y colaborativamente para realizar estudios genómicos de SARS-CoV-2 en nuestro país y aportar tanto al conocimiento local como a la base de datos global de circulación viral GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data). Entre sus objetivos se encuentran la secuenciación de los genomas circulantes de SARS-CoV-2 en distintas regiones de nuestro país, el análisis a gran escala de secuencias, ensamblado de genomas, análisis filogenéticos y filogeográficos, epidemiología y evolución molecular.