El Programa Nacional de Control de Enfermedades Inmunoprevenibles (ProNaCEI) tiene como objetivo principal disminuir la morbi-mortalidad de las enfermedades inmunoprevenibles mediante la vacunación sostenida de los niños que nacen anualmente, así como de las cohortes sucesivas hasta la edad de seis años, y luego cada diez años, a través de los distintos niveles operativos.

El vacunatorio del Hospital, cuenta con todas las vacunas del Calendario Nacional, como así también para huéspedes susceptibles.