La Dirección Nacional de Asuntos Técnicos de Fronteras tiene como misión y función:

• Coordinar las acciones que desarrollan los organismos nacionales en los centros de fronteras.

• Administrar los centros de fronteras.

• Llevar a cabo las tareas inherentes a la tramitación de los permisos de explotación de servicios complementarios en los complejos fronterizos y las autorizaciones de construcciones y mejoras a cargo de la secretaria de interior.

• Representar a la secretaria de interior en el subcomité técnico de controles y operatoria de frontera del ct 2 "Asuntos aduaneros del Mercosur" y en las reuniones binacionales sobre temas fronterizos.

• Mantener actualizado el registro de inmuebles correspondientes a los complejos fronterizos bajo la administración de la secretaria de interior.

• Administrar la base de datos de centros de fronteras y de transferencia de inmuebles en zona de seguridad.