Estas agendas, que son un elemento crucial para aportar entramado y densidad a la transformación productiva deseada en base al conocimiento y la innovación, están dirigidas a identificar y seleccionar tecnologías con capacidad de impactar fuertemente en los sectores económicos y sociales, subsectores o eslabones de cadenas de valor.

Incluyen dos tipos de agendas:

1. Agendas de Tecnologías Aplicadas a la Producción. Comprenden, por ejemplo, a la biotecnología, los materiales avanzados, la nanotecnología, la microelectrónica, o las tecnologías de la información y las comunicaciones. Los desafíos en el desarrollo y aplicación de tecnologías para impulsar procesos de aprendizaje, escalamiento e innovación requieren de un abordaje integral que involucra importantes esfuerzos de gestión para la vinculación con sectores de la producción, la formación de recursos humanos con capacidad de generar y transferir conocimientos, la necesidad de reconfigurar las organizaciones del sector de CTI para dar respuesta a requerimientos y transformaciones de su entorno, por nombrar algunos.

2. Agendas de Ciencias Sociales y Humanas. Se focalizan en las problemáticas vinculadas a las estrategias e intervenciones en el marco de los desafíos nacionales y regionales. Buscan comprender y facilitar los procesos sociales asociados a la transformación productiva, así como favorecer el desarrollo con inclusión social, entre otras cuestiones. En este marco, se inscriben los estudios de las dimensiones sociales, culturales y políticas de la ciencia, la tecnología y la innovación, y su evolución y desarrollo para acompañar el cambio estructural. Especial relevancia en relación con las dinámicas de desarrollo social, productivo y ambiental presentan hoy temas como percepción social del riesgo y movimientos de resistencia a las tecnologías y de defensa de los ecosistemas y el ambiente, así como las problemáticas de género.