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La provincia de Chubut cuenta con dos importantes lagos extra andinos: El Musters y el Colhué Huapi.

El Lago Musters ocupa una depresión originada estructuralmente a fines del Cretácico en plena meseta patagónica central. Por su parte, el Lago Colhué Huapi ocupa una depresión poco profunda, originada presumiblemente por la acción eólica en una zona ocupada preponderantemente por finas arcillas.

El 26 de septiembre de 2014 el sensor OLI a bordo del satélite LandSat-8 captó una imagen en la que pueden apreciarse el Lago Musters y el Lago Colhué Huapi. Pueden identificarse diversos colores en sus aguas debido a diferencias en profundidad y turbidez.

Si bien estos dos grandes lagos de la meseta patagónica presentan notorias diferencias geohidrológicas entre sí, es inevitable su estudio conjunto, dado que forman parte de un mismo sistema hídrico encadenado.

Tienen como único afluente al Río Senguer, alimentado a su vez por aguas del deshielo andino reguladas en sus nacientes por los lagos Fontana y La Plata. El Río Senguer se subdivide en numerosos brazos secundarios (generalmente secos) con forma de abanico que se orienta hacia el nordeste. Su cauce principal se dirige hacia la fosa tectónica del Lago Musters ingresando al mismo por su margen sur, y poco antes de alcanzarlo vuelve a subdividirse para aportar también al Lago Colhué Huapi, ubicado unos kilómetros hacia el oriente.

El Lago Musters presenta una margen sur llana y pantanosa. En ese sector sus aguas se hallan condicionalmente contenidas por una barrera de rodados y arena de hasta 3 metros de altura. Este lago está sujeto naturalmente a un severo proceso de evaporación. Además, en condiciones normales, parte de su volumen acuático se infiltra incrementando el caudal del brazo llamado Falso Senguer, el cual lleva dichos aportes hacia el Lago Colhué Huapi, donde se repite con mayor intensidad el proceso de evaporación.

Como resultado de varias intervenciones humanas en esta cuenca, se han realizado obras de toma para alimentar acueductos de agua potable desde el Lago Musters, y canalizaciones de riego y trasvase de grandes volúmenes de agua del Río Senguer hacia numerosos pozos petroleros de la región que se encuentran en la fase secundaria de explotación.