Al celebrarse el 101° aniversario de su fundación, el 1° de marzo de 2013, se presentó oficialmente la nueva bandera de la ciudad, cuya elección había sido el resultado de un concurso público convocado por la Ordenanza 7519, en el cual habían participado los habitantes del municipio.

A partir de la sanción de la Ordenanza Municipal 8504 se estableció la presidencia del pabellón de Roque Sáenz Peña junto a las banderas de Argentina y de la Provincia del Chaco en todos los actos protocolares oficiales.

Descripción y simbología

El paño blanco representa al algodón, uno de los recursos económicos más importantes en la historia de la ciudad y del territorio chaqueño.

La franja verde alude a los campos productivos característicos de Sáenz Peña y al incalculable valor ecológico del monte autóctono y del Complejo Ecológico Municipal, el pulmón verde de la ciudad.

La franja azul celeste, en tanto, representa las aguas termales ubicadas en el núcleo urbano, como un manantial de salud.

Asimismo, en la conjunción de los tres paños: el verde, el blanco y el azul celeste, se refuerza la pertenencia a la provincia y en los dos últimos, a la Nación Argentina.

Sobre el campo blanco, se advierte el símbolo compuesto por tres signos representativos de la historia de la ciudad:

• Las vías, que fueron forjadoras del municipio y que representan su origen, cuya identidad se ha consolidado a partir de la pluralidad cultural que aúna en un destino común a criollos, inmigrantes y pueblos originarios.
• El capullo de algodón como símbolo de progreso, ubicado en el centro (así como la ciudad se sitúa en el corazón del territorio chaqueño) que alude a las hectáreas de campos de este cultivo.
• Las líneas onduladas, que evocan la tranquilidad de las aguas termales y que, más allá del gran valor identitario para la localidad, refieren a su constitución como centro de atracción turística.