La Subgerencia Laboratorio de Hidrología se encuentra abocada al estudio de los recursos hídricos en distintas regiones y provincias del país con énfasis en hidrología subterránea y superficial, modelación matemática, sistematización y procesamiento de información hidrológica, estudios ambientales e investigación de sistemas alternativos para el abastecimiento, consumo sustentable y eficiente del agua. Asimismo, presta servicios a terceros, realizando estudios de evaluación de fuentes de agua subterránea para provisión de agua potable, desarrollo termal, evaluación y diagnóstico ambiental.